Totalitate a germenilor care exista in mod normal in intestin. Administrarea de antibiotice cu spectru larg de actiune poate perturba in mod grav echilibrul florei intestinale. Acest dezechilibru pasager se traduce de cele mai multe ori prin pierderea mirosului de fecale al scaunelor si prin dezvoltarea de ciuperci, mai rar printr-o diaree benigna, care se manifesta pe toata durata tratamentului. In toate cazurile, oprirea antibioterapiei este urmata de restaurarea treptata a florei intestinale. O infectie intestinala sau toxiinfectie (secretarea de toxine de catre bacterii) pot, de asemenea, sa antreneze o perturbare a florei, incapabila sa compenseze actiunea germenilor patogeni.